Prostat kanseri: Büyük veri 80 yeni uyuşturucu hedefinin kilidini açar
Prostat kanserinin genetiğini analiz etmek için yapılan en büyük çalışmada, bilim adamları en az 80 yeni potansiyel ilaç hedefi buldular. Proje, yeni tedavilerin tasarımı için geniş yollar açar.
Genetik verileri çıkarmak, bir zamanlar külfetli ve inanılmaz derecede zaman alıcı bir işti.
Bununla birlikte, teknoloji gelişmeye devam ettikçe, iş önemli ölçüde daha hızlı ve ucuz hale geldi.
Buna paralel olarak, büyük veri kümelerini işlemek için mevcut araçlar büyük ölçüde geliştirildi.
Birlikte ele alındığında bu, genetik koddan toplanan bilgi okyanuslarının analiz edilebileceği, haritalanabileceği ve yeni bir netlik düzeyi sağlamak için görece kolaylıkla birleştirilebileceği anlamına geliyor.
Son zamanlarda, uluslararası bir ekip, prostat kanserinin genetiğini araştırmak için bu çift yönlü DNA analizi ve büyük veri yaklaşımını kullandı. Hastalığın zırhında moleküler çatlak arayışıyla ilgili araştırma, Londra, Birleşik Krallık'taki Kanser Araştırma Enstitüsü tarafından düzenlendi.
Prostat kanseri zorlukları
Prostat kanseri, Amerika Birleşik Devletleri'nde erkekler arasında en yaygın ikinci kanserdir. Bu yıl ABD'de tahminen 164.690 yeni prostat kanseri vakası ve hastalığa bağlı yaklaşık 30.000 ölüm olacak.
Araştırmacılar prostat kanserini anlama ve tedavi etme konusunda ilerleme kaydetmiş olsalar da, hala bir takım zorluklar var.
Çalışma lideri Prof. Rosalind Eeles'in açıkladığı gibi, "Kanser araştırmalarında karşılaştığımız zorluklardan biri, hastalığın karmaşıklığı ve onu potansiyel olarak tedavi edebileceğimiz çok sayıda yol."
Birleşik Krallık Kanser Araştırması'ndan Dr. Justine Alford, prostat kanserini incelemek ve buna müdahale etmekle ilgili başka bir konuyu özetliyor.
"Prostat kanserine karşı daha fazla ilerleme kaydetmenin önündeki en büyük engel, bir kişinin hastalığının nasıl ilerleyeceğini doğru bir şekilde tahmin etmenin yollarının olmaması ve bu da her hasta için hangi tedavinin en iyi olduğunu bilmeyi zorlaştırıyor" diye açıklıyor.
Genetik verilerin toplanması
Soruna yeni bir yönden yaklaşmak için araştırmacılar, prostat kanseri olan 112 erkekten genetik bilgi aldı ve bunu bir dizi başka çalışmadan elde edilen verilerle birleştirdi. Toplamda 930 hastadan alınan numuneler kullanıldı.
Ekip, en son büyük veri tekniklerini kullanarak, prostat kanserinin gelişimini ateşleyen ve ilerlemesini ateşleyen genetik değişikliklere dair yeni içgörüler elde etti. Hangi genlerin dahil olduğunu anladıktan sonra, bu genler tarafından kodlanan proteinlerin bir haritasını oluşturabilirler.
Daha sonra, çalışmalardan elde edilen verileri birleştiren, makine öğrenimini uygulayan ve ilaç keşfine ilişkin içgörü sağlamaya yardımcı olan canSAR adlı bir veritabanına döndüler.
CanSAR web sitesinde, veritabanının yanıtlamayı amaçladığı soruları açıklayabilir: “Bir protein hakkında bilinenler, kanserlerin ifade edildiği veya mutasyona uğradığı ve aktivitesini deneysel olarak araştırmak için hangi kimyasal araçlar ve hücre hattı modelleri kullanılabilir? Bir ilaç hakkında bilinenler, hücresel duyarlılık profili ve olağandışı biyoaktiviteyi açıklayabilecek hangi proteinleri bağladığı biliniyor? "
Bilim adamları, ortaya çıkardıkları proteinin 80'inin potansiyel ilaç hedefleri olduğunu buldular. Ve bunlardan 11'i mevcut ilaçlar tarafından hedef alındı ve diğer yedi tanesi halihazırda klinik deneylerde bulunan ilaçlar tarafından hedef alınmış olabilir.
Bulguları bu hafta dergide yayınlandı Doğa Genetiği.
"Çalışmamız, prostat kanseri ve hastalıkla savaşmanın olası yolları hakkında birçok yeni bilgiyi ortaya çıkarmak için büyük veri analizinde en son teknikleri uyguladı."
Profesör Rosalind Eeles
Geleceğe bakmak
Elbette, keşifler klinik olarak kullanılmadan önce daha fazla çalışma gerektirecek, ancak bir dizi yeni olasılık sağlıyorlar.
Ortak yazar Prof. Paul Workman'ın açıkladığı gibi, “Bu çalışma, prostat kanserinin gelişimini yönlendiren oldukça fazla sayıda yeni gen ortaya çıkardı ve potansiyel yeni tedaviler bulmak için hastalığın biyolojisinden nasıl yararlanılacağına dair hayati bilgiler verdi. "
Çalışmalarının, "hastaların mümkün olan en kısa sürede fayda sağlamaları amacıyla belirledikleri [onların] genetik değişiklikleri ve potansiyel ilaç hedeflerine yönelik yeni bir araştırma dalgasını tetikleyeceğini umuyor."
Prostat kanseri tedavilerinin tasarımında bir başka engel, hastalığın her bireyde farklı şekilde ilerlemesidir. Bu, her hasta için hangi tedavi seçeneklerinin en uygun olduğuna karar vermeyi çok daha zor hale getirir.
Dr. Alford, “[b] y hastalığın arkasındaki genetik anlayışımızı büyük ölçüde geliştireceğini, […] bu bilginin gelecekte doktorların tedavileri bir bireyin kanserine daha iyi uyarlamasına yardımcı olabileceğini ve umarım daha fazla insanın hastalıklarından sağ kurtulduğunu görmesini umuyor. "
Bunlar ilk günler, ancak gelecek nesil çalışmalardan elde edilecek bulgular sahaya dönüştürebilir.
