Beş insan geninden biri 'gerçek' değil
Yeni araştırmalar biyotıpın çehresini değiştirebilir; insan genomunun daha önce inanıldığından çok daha az “gerçek” veya protein kodlayan gen içerdiği bulunmuştur.
1990'ların başında bilim adamları, insan genomunun tüm DNA dizisini haritalamak için yola çıktılar.
Sözde İnsan Genom Projesi, hastalıklara genetik bağlantılar bulmayı ve hangi genlerin proteinleri kodladığı ve hangi faktörlerin gen ekspresyonunu düzenlediği gibi genomun çeşitli öğelerinin işlevini ve yapısını anlamayı amaçladı.
İnsan Genom Projesi'nin ilk sonuçları, proteinleri kodlayabilen 40.000 gen olduğunu, vücudun doku ve organlarının iyi çalışması için hayati öneme sahip büyük moleküller olduğunu öngördü.
Ancak, bu proje 2003'te sona ererken, bu sayı için tahminler yaklaşık 20.000-25.000 protein kodlayan gene düştü.
O zamandan beri, bilim adamları son proteomu - yani genler tarafından ifade edilebilen toplam protein sayısını - bulmaya çalışıyorlar ve bu proteinlerin genetik ifadesinin çeşitli hastalıklarda nasıl mutasyona uğradığını anlamaya odaklanıyorlar.
Bu amaçla, İspanya Madrid'deki İspanyol Ulusal Kanser Araştırma Merkezi Biyoinformatik Biriminden Michael Tress liderliğindeki uluslararası bir araştırma ekibi, mevcut ana proteom veritabanları tarafından protein kodlaması olarak kabul edilen genleri inceledi.
Tress ve meslektaşları araştırmalarının sonuçlarını dergide yayınladılar. Nükleik Asit Araştırması. Birleşik Krallık, Hinxton'daki Wellcome Trust Sanger Enstitüsü'nden Federico Abascal, makalenin ilk yazarıdır.
En az 2.000 gen "sözde gen" dir
Araştırmacılar, üç protein dizisi koleksiyonundan ve genetik ek açıklamalardan gelen proteomları karşılaştırdı: GENCODE / Ensembl, RefSeq ve UniProtKB.
Tress ve ekibi, protein kodlama olarak listelenen toplam 22.210 genin sadece 19.446'sının her üç koleksiyonda da yer aldığını buldu.
Ardından, deneysel kanıtları ve açıklamalardan elde edilen bilgileri inceleyerek 2.764 gen arasındaki farka odaklandılar.
Kanıtlar, bu genlerin çoğunun "kodlamayan genler veya sahte genler" olduğunu ileri sürdü.
Ayrıca bilim adamları, üç koleksiyonda protein kodlama olarak listelenen ek 1.470 genin, protein kodlayan genlerin işlevsel özelliklerine veya tipik evrimine sahip olmadığını buldular.
Bu nedenle, araştırmacılar "şu anda üç referans veri tabanının insan kodlama genlerinin sayısını en az 2.000 kadar fazla tahmin ettiğine, bu da büyük ölçekli biyomedikal deneyleri karmaşıklaştırdığına ve buna gürültü eklediğine inanıyor."
"Hangi potansiyel kodlamayan genlerin proteinleri kodlamadığını belirlemek zor ama hayati önem taşıyan bir görevdir çünkü insan referans proteomu en temel araştırmanın temel direğidir ve neredeyse tüm büyük ölçekli biyomedikal projeleri destekler."
Gelecekteki araştırmalar için talimatlar
Tress, araştırmacıların bulgularını nasıl daha ileri götürdüğünü paylaşıyor. "Bu genlerin çoğunu ayrıntılı olarak analiz edebildik," diye açıklıyor, "ve 300'den fazla gen kodlamayan olarak yeniden sınıflandırıldı."
"Şaşırtıcı bir şekilde," diyor çalışmanın ortak yazarı David Juan, "bu alışılmadık genlerin bazıları iyi incelenmiş ve genin bir protein ürettiği varsayımına dayanan 100'den fazla bilimsel yayını var."
Bu nedenle sonuçlar, bildiğimiz şekliyle biyotıp alanını değiştirebilir. Bununla birlikte, daha fazla araştırmaya ihtiyaç vardır.
"Kanıtımız," diye ekliyor Abascal, "insanların yalnızca 19.000 kodlama genine sahip olabileceğini öne sürüyor, ancak bu 19.000 genin hangileri olduğunu hala bilmiyoruz."
